和细菌性食物中毒不同的是，非菌性食物中毒的罪魁祸首不在于细菌，而在于食物本身被污染或有毒，以及食物保存不妥、烹调不当而产生的毒素。常见的中毒有砷化物中毒、真菌中毒、毒蕈中毒、发芽土豆中毒，还有畜肉的甲状腺中毒、海豚中毒等。非菌性食物中毒的发病程度远远胜过细菌性食物中毒，除了导致消化系统紊乱外，还可能出现神经系统症状，如惊厥、流涎、皮疹、全身乏力、严重的还会出现深度昏迷。防止非菌性食物中毒，要求更细致全面。在选购食物时，不要买那些有毒的食物或农药残留严重的蔬菜水果等，加工前还要对食物进行严格的清洗和消毒，加工时要科学烹调、正确存放。另外，不能食用变质、发霉、腐败的食物。
