在我们生活的自然环境中，到处都存有微生物。人体的肠道是和外界相通的，因而肠道内也寄居着大量微生物。肠道正常存在的微生物（或称肠道正常菌群)，主要包括大肠杆菌、产气杆菌、变形杆菌、绿脓杆菌、葡萄球菌、肠球菌、产气荚膜杆菌和破伤风杆菌等。
在一般情况下，人体有一定的抵抗力，与肠内正常寄居的菌群之间相互适应，维持着平衡状态，肠道正常菌群的各种微生物之间也相互制约、相互依赖，维持着相对的动态平衡。因此，尽管肠道内存在着微生物，并不引起疾病。但是，这种情况并不是固定不变的。在下级情况下，可以造成菌群失调，以致引起疾病。
1、肠道正常菌群与寄居人体之间的平衡被破坏，当人们着凉、过度疲劳、身体衰弱或者患严重疾病和慢性消耗性疾病而使机体抵抗力降低时，肠道内一些正常存在的细菌失去控制，失去与寄居人体间原有的平衡状态，可从寄居部位发生转移，以致引起疾病。有的从有菌部位转到无菌部位，如肠道菌上行到十二指肠或空肠上端，有的从原来寄居部位转到另一类菌的寄居部位，如大肠杆菌由肠道转移到呼吸道，引起大肠杆菌性肺炎，有的肠道菌使入到人体深部组织或者进入血流中，造成自身传染，甚至发生败血症。应当注意，长期应用抗生素也可造成这些改变。
2、肠道正常菌群各种微生物之间的平衡被破坏：由于长期或大量使用抗生素，特别是使用氯霉素、四环素等广谱抗生素，正常菌群中对这些抗生素敏感的菌群受到抑制，不敏威的微生物或外来的耐药菌乘机繁殖，引起新的疾病，称为菌群失调症或菌群交替症。例如：本来占多数的大肠杆菌变为少数，本来占少数的肠球菌变为多数，导致病人产生慢性腹泻症状；对抗生素不敏威的白色念珠菌大量繁殖，成为肠道内的主要微生物，引起白色念珠菌肠炎，耐药性葡萄球菌在肠道内繁殖，引起伪膜性肠炎。这些疾病病程大都较长，对人体危害较大。
由此可见，肠道菌群失调与长期应用抗生素是密切相关的。婴幼儿、老年人、体弱者或患严重疾病、慢性疾病者，如果长期应用抗生素，就容易发生菌群失调症。为了防止菌群失调的产生，必须合理使用抗生素，避免滥用抗生素。遇有菌群失调症时，失调程度轻者，停药后就可恢复正常，失调程度重者，除马上停药外，必须改用对替代菌敏敏的药物进行治疗，以控制替代菌的感染。
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