细菌的种类虽然很多，但是只有少数细菌能引起疾病。
这少数病原菌所以能引起疾病，主要因为它们的菌体内存在着特殊的结构和不同的致病物质——荚膜、酶和毒素。病原菌依靠这些物质破坏人体的防御机能，在人体内生长繁殖，或毒害某些组织、器官，引起疾病。
1、荚膜，有些病原菌的菌体外面包绕着一层英膜，保护着细菌，抵抗吞噬细胞的吞噬作用，使细菌容易在人体内生长繁殖，引起疾病。例如肺炎双球菌、产气荚膜杆菌．炭疽杆菌等就靠所存在的荚膜等物质引起疾病。
2、酶：有些病原菌在代谢过程中分泌一些酶，这些酶可以分解人体的组织细胞成分或破坏人体的防御机能，增强细菌的侵袭力，使细菌易于在人体内扩散、繁殖，引起疾病。例如乙型溶血性链球菌产生透明质酸酶，能分解结缔组织内的透明质酸，使结缔组织的基质发生变化，通透性增加，细菌易于在组织中扩散和蔓延。金黄色葡萄球菌产生血浆凝固酶，使血浆凝固，被凝固的血浆蛋白在菌体外形成薄膜，抵抗吞噬细胞的吞噬作用。产气荚膜杆菌产生胶原酶，能溶解网状结缔组织，引起气性坏疽。
3、毒素：有些病原菌产生对人有毒害作用的毒性产物，游离于菌体外的叫外毒素，与菌体紧密结合的叫内毒素。外毒素是一种蛋白质，毒性很强，对人体某些组织有特殊的亲和作用。例如白喉杆菌的外毒素，选择性地作用于心肌、肾上腺和末梢神经，引起心肌变性、肾上腺皮质出血、末梢神经廊痹等症状；破伤风杆菌产生的破伤风痉挛毒素，作用于脊髓前角的运动神经细胞，引起骨胳肌痉挛和强直。内毒素是类脂、多糖、蛋白质的复合物，主要存在于细菌的细胞壁内，只有当菌体破裂时才释放出来。内毒素毒性较弱，对人体各组织没有特殊的亲和作用，大多数固紫阴性细菌和少数固紫阳性细菌所产生的内毒素，对人体的致病作用大致相同，主要引起发烧、微循环障碍，导致中毒性体克等。
病原菌含有的致病物质，只是致病的一个因素，能否致病还要看病原菌的数量多少，侵入人体的门月是否合适，要重要的是人体的抗威染机能如何。醒国医学讲“正气内存，邪不可干，邪之所凑，其气必虚。”就是说如果人体有很强的抗成染能力，致病菌是不能致病的。
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