阿米巴病根据临床特点，可分为急性或慢性阿米巴痢疾，以及肠外阿米巴病，治疗时也要按照上述三种类型加以选择用药。
1、急性阿米巴痢疾：应选择能迅速杀死阿米巴滋养体和及时控制症状的药物。(1)依米丁（盐酸吐根碱)：对控制急性阿米巴痢疾的作用很强，并且能治疗肠外阿米巴病（如肝、脑、肺、肾的阿米巴脓肿)。依米丁对急性痢疾的根治效力差，容易复发，所以常与抗生素配合。依米丁毒性很大，必须慎用。(2）鸦胆子：是一种驱虫中药，有杀虫、治痢，燥湿的作用。能够杀死阿米巴原虫、疟原虫和血吸虫。治疗急性阿米巴痢疾时，每次服鸦胆子仁10～15粒（装入胶囊)，一日三次，连服一周，同时以子仁20粒研面加1%碳酸氢钠液200毫升浸泡2小时，用浸液做保留灌肠，隔日一次，共4～5次，效果更好。(3)白头翁：是一种具有清热解毒、凉血止痢的中药。一次5元～1两煎服，连服7天。也可用同样的煎剂100毫升，保留灌肠，每天一次，7～10天为一疗程。(4)巴龙霉素(巴母霉素)：属于链霉素类抗生素，对于阿米巴原虫和痢疾杆菌都有较强的抑制作用。治疗急性阿米巴痢疾的有效率可达90%以上，对慢性痢疾治疗效果较差。特别适用于农村缺乏化验条件下，不能鉴别菌痢或虫痢时使用。片剂每片10万、20万单位，一次40～60万单位，一日四大，5～7日为一疗程。
2、慢性阿米巴痢疾：要选择根治效果较好的药，如喹碘方(药特灵，安痢生）氯碘嘴（滑虫病）卡巴肿等，这类药物杀死阿米巴滋养体的作用比依米丁弱，但口服后吸收很少，容易在肠道内发挥作用，对阿米巴包囊也略有效，所以根治的效果较好。另外，有些抗生素如四环素、土霉素、杆菌素和新霉素等，虽然不能直接杀死阿米巴原虫，但是由于阿米巴滋养体必须得到肠道内正常大肠杆菌丛代谢物才能生长，而抗生素在消灭大肠杆菌的同时，也使阿米巴原虫的生长受到限制，所以上述抗生素可作为治疗急、慢性阿米巴痢疾的辅助用药。
3、肠外阿米巴病：应该使用吸收后能集中杀死存在肝、脑、肾或皮肤中的阿米巴原虫药物。除去依米丁外，还可使用抗疟药阿地平或氯喹。阿地平每次0.1~0.2克，一日三次，连用7～10日﹔氯喹第1～2日每次0.5克，一日二次，以后每次0.25克，一日二次，连服12～19日。
安痢宁是一种抗阿米巴的新药，对于肠外阿米巴病和急、慢性阿米巴痢疾都有效，口服一日三次，每次2片（0.1克)，连服10日，除有胃肠道反应的副作用外，毒性很小，和依米丁比较起来，优点很多。
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